پایان نامه : بررسی ارتباط پلی مورفیسم های پروموتر ژن GKN1 با خطر ابتلا به سرطان معده |
 |
1-2-1- کاردیا……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….4
1-2-2- طاق و تنه………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..4
1-2-3- پیلور…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………5
1-3- سلول های موجود در غدد معده……………………………………………………………………………………………………………………………5
1-3-1- سلول های گردن مخاط………………………………………………………………………………………………………………………………….5
1-3-2- سلول های تمایز نیافته…………………………………………………………………………………………………………………………………..6
1-3-3- سلول های اصلی……………………………………………………………………………………………………………………………………………..6
1-3-4- سلول های کناری یا جداری ………………………………………………………………………………………………………………………….6
1-3-5- سلول های غدد درون ریز ………………………………………………………………………………………………………………………………7
1-4- انواع سرطان معده…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..7
1-4-1- آدنوکارسینوم نوع روده ای………………………………………………………………………………………………………………………………7
1-4-2- آدنوکارسینوم نوع منتشر…………………………………………………………………………………………………………………………………8
1-5- اتیولوژی سرطان معده…………………………………………………………………………………………………………………………………………….9
1-5-1 هلیکوباکتر پیلوری……………………………………………………………………………………………………………………………………………..9
1 -5-2- رژیم غذایی……………………………………………………………………………………………………………………………………………………10
1 -5-3- سیگار……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………10
1-5-4- فاکتورهای ژنتیکی…………………………………………………………………………………………………………………………………………11
1-6- مخاط معده…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….12
1-7- موکوس معده…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………12
1-8- پروتئین های گاستروکین …………………………………………………………………………………………………………………………………….13
1-8-1- ژن GKN1 …………………………………………………………………………………………………………………………………………………….15
1-8-2-نقش GKN1 در معده و سرطان معده…………………………………………………………………………………………………………..16
1-9- ارتباط پلی مورفیسم‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های ژنتیکی با خطر ابتلا به سرطان…………………………………………………………………………………..18
1-10- اهداف تحقیق…………………………………………………………………………………………………………………………………………………….20
فصل دوم:پیشینه تحقیق
فصل سوم:مواد و روش ها
3-1- وسایل و مواد مورد استفاده در این مطالعه…………………………………………………………………………………………………………..24
3-2- نوع مطالعه……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..26
3-3- جامعه آماری و نمونه گیری………………………………………………………………………………………………………………… ………………26
3-4- رضایت نامه…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….27
3-5- روش تهیه محلول‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های مورد نیاز جهت انجام الکتروفورز……………………………………………………………………………………..27
3-5-1-روش تهیه بافر الکتروفورز TBE در حجم 500 میلی لیتر……………………………………………………………………………..27
3-5-2- محلول رنگ آمیزی DNA Stain ………………………………………………………………………………………………………………….28
3-6- استخراج DNA از خون………………………………………………………………………………………………………………………………………….28
3-7- تهیه ژل آگارز و الکتروفورز…………………………………………………………………………………………………………………………………….29
3-8- طراحی پرایمر…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………30
3-9- تکثیر ناحیه پروموتری ژن GKN1……………………………………………………………..………………………………………………………. 31
3-10- توالی یابی……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..35
3-11- شناسایی SNPهای پروموتر ژن GKN1 …………………………………………………………………………………………………………….35
3-12- تکنیک Tetra Primer ARMS- PCR………………………………………………………………………………………………………………..35
3-13- تعیین ژنوتیپ SNP با شناسه های rs4575760 و rs4072127 با روش Tetra- primer ARMS PCR…………37
3-14- آنالیز آماری………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….42
پرسشنامه………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….43
فصل چهارم-نتایج
4-1- مشخصات جمعیت مورد مطالعه…………………………………………………………………………………………………………………………44
4-2- بررسی ارتباط فاکتورهای خطر با سرطان معده………………………………………………………………………………………………….47
4-2-1- عفونت هلیکوباکتر پیلوری…………………………………………………………………………………………………………………………..47
4-2-2- مصرف الکل…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..48
4-2-3- ازدواج فامیلی والدین……………………………………………………………………………………………………………………………………49
4-2-4- سابقه سرطان در خانواذه……………………………………………………………………………………………………………………………..51
4-3- بررسی کیفیت DNA استخراج شده…………………………………………………………………………………………………………………..51
4-4- تکثیر ناحیه پروموتری ژن GKN1……………………………………………………………………………………………………………………..52
4-5- شناساییSNP های ناحیه پروموتری ژن GKN1………………………………………………………………………………………………53
4-6- تعیین ژنوتیپ SNPبا شناسه‌های rs4575760 وrs4072127 با تکنیک Tetra Primer ARMS- PCR………55
4-7- بررسی ارتباط پلی مورفیسم rs 4575760 ژنGKN1 با خطر ابتلا به سرطان معده……………………………………….58
4-8– بررسی ارتباط پلی مورفیسم rs 4072127 ژن GKN1 با خطر ابتلا به سرطان معده……………………………………….58
4-9- بررسی ارتباط پلی مورفیسم‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های ژنGKN1 با نوع تومور………………………………………………………………………………..60
فصل پنجم-بحث و نتیجه گیری
5-1- عوامل موثر در ابتلا به سرطان معده…………………………………………………………………………………………………………………62
5-1-1- بررسی نتایج حاصل از اثر عفونت هلیکوباکتر پیلوری بر ابتلا به سرطان معده………………………………………….63
5-1-2- بررسی نتایج حاصل از تاثیر الکل با خطر ابتلا به سرطان معده…………………………………………………………………63
5-1-3- سابقه سرطان در خانواده (اقوام درجه یک)……………………………………………………………………………………………….64
5-1-4- نتایج حاصل از بررسی ارتباط پلی مورفیسم‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های تک نوکلئوتیدی پروموتر ژن GKN1 با خطر ابتلا به سرطان
معده………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………65
پیشنهادات………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………67
رفرنس…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….68
چکیده خارجی……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….78
فهرست شکل ها
شکل 1-1-قسمت‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های مختلف معده……………………………………………………………………………………………………………………………..4
شکل 1- 2- ترکیبات تشکیل دهنده موکوس……………………………………………………………………………………………………………..12
شکل1 – 3- ساختار فضایی پروتئین های گاستروکین……………………………………………………………………………………………….14
شکل 1-4- بیان GKNS، TFFS و موسین‌ها در اپیتلیوم معده موش………………………………………………………………………….14
شکل 1-5- جایگاه ژنهای GKN1، GKN2 و GKN3 بر روی کروموزوم 2 انسان…………………………………………………..15
شکل 1-6- موقعیت 38CYS در 3 ژنGKN1، GKN2 و GKN3……………………………………………………………………………16
شکل 3-1: نمایی از تکنیک Tetra Primer ARMS- PCR……………………………………………………………………………………….36
شکل 4-1: الکتروفورز DNA استخراج شده بر روی ژل آگارز 1 درصد. …………………………………………………………………..51
شکل 4-2: تکثیر بخشی از ناحیه پروموتری ژن GKN1 (GKN1A)……………………………………………………………………..52
شکل 4-3: تکثیر بخشی از ناحیه پروموتری ژن GKN1 (GKN1B)………………………………………………………………………..53
شکل 4-4 : مقایسه توالی ناحیه پروموتر ژن GKN1 با نرم افزار SeqMan ………………………………………………………………54
شکل 4-5: ژنوتیپ‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های مختلف در SNP rs 4557760 در پروموتر ژن GKN1………………………………………………………..54
شکل4-6 :ژنوتیپ‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های مختلف در SNP 72127 rs 40 در پروموتر ژن GKN1 ……………………………………………………….55
شکل4-7: تعیین ژنوتیپ SNP با شناسه 4557760 rs ژن GKN1 با تکنیک Tetra Primer ARMS- PCR………..56
شکل4- 8: تعیین ژنوتیپ SNP با شناسه 4072127 rsژن GKN1 با تکنیک .Tetra Primer ARMS- PCR………57
شکل 5-1: نواحی پروموتری ژنهای GKN2، TFF1، TFF2 و TFF3 و فاکتورهای رونویسی مربوط به این ژن‌ها….67
فهرست جداول
جدول 1-1– خلاصه ای از پلی مورفیسم‌ها‌یی که با انواع منتشر و روده ای سرطان معده در ارتباط هستند……………19
جدول 3-1- توالی پرایمرهای GKN1A و GKN1B…………………………………………………………………………………………………….32
جدول 3-2- شرایط PCR جهت تکثیر ناحیه پروموتری ژن GKN1 (GKN1A و GKN1B )…………………………………..33
جدول 3-3- میزان مواد مورد نیاز PCR جهت تکثیر ناحیه پروموتری ژن GKN1…………………………………………………….34
جدول 3-5- توالی پرایمرهای مورد استفاده در Tetra- primer ARMS PCR برای تعیین ژنوتیپ rs4575760……..37
جدول 3-6- توالی پرایمرهای مورد استفاده در Tetra- primer ARMS PCR برای تعیین ژنوتیپ rs4072127……..38
جدول 3-7- مواد و حجم مورد نیاز برای انجام Tetra- primer ARMS PCR برای تعیین ژنوتیپrs 4575760 ……39 جدول 3-8- مواد و حجم مورد نیاز برای انجام Tetra- primer ARMS PCR برای تعیین ژنوتیپ rs 4072127 ….40 جدول3-9- شرایط PCR برای تعیین ژنوتیپ rs4575760…………………………….. …………………………..41 جدول3-10- شرایط PCR برای تعیین ژنوتیپ rs4072127………………………………………………………………………………………41 جدول4-1: مشخصات نمونههای جمعیت A……………………………………………………………………………………………………………….45
جدول4-2: مشخصات نمونههای جمعیت B……………………………………………………………………………………………………………….46
جدول 4-3: ژنوتیپ نمونههای بیمار و شاهد پلی‌مورفیسم rs 4557760 ………………………………………………………………….59
جدول 4-4: ژنوتیپ نمونههای بیمار و شاهد پلی مورفیسم rs 4072127 ………………………………………………………………..59
فهرست نمودارها
نمودار4-1- فراوانی سرطان های Intestinal (19 نفر)و diffuse (12 نفر) در بیماران آلوده به هلیکوباکتر پیلوری در
جمعیت A……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..47
فرم در حال بارگذاری ...
|
[جمعه 1398-07-05] [ 12:58:00 ق.ظ ]
|
